学术论文中引用内容的万方查重处理方法包括：1.修改引用内容的表述方式，避免与原文雷同；2.加入个人见解和分析，减少与原文相似度；3.合理使用引用标注，避免误判为抄袭。此外，还可以通过修改句式、调整词语顺序等方式进行处理。

为有效避免学术论文中引用内容的万方查重引起的问题，可以采取以下措施：1.及时更新引用内容，避免多次引用同一段文字；2.增加引用内容的数量，减少原文占比；3.注意引用内容的来源，选择权威可信的文献进行引用。此外，定期检查论文原创性，确保引用内容合理合法。