要提高跨学科论文在万方查重率上的通过率，首先需要注意文献综述的撰写。跨学科论文往往涉及多个学科领域，因此在文献综述部分要确保涵盖各个相关领域的研究成果和观点。其次，要注重论文结构的合理性，清晰的逻辑结构可以提高查重通过率。此外，还需要注意引用格式的规范性，确保文中引用的资料准确无误。最后，定期使用万方等查重工具自查，及时发现并修改文中的雷同内容。

另外，在撰写跨学科论文时，要尽量避免直接复制粘贴他人的文字，尽量用自己的语言表达观点和结论，减少雷同内容的出现。同时，可以尝试将论文提交到万方等查重平台进行初步查重，及时发现和修改文中的雷同部分。此外，可以请教导师或同行进行论文润色，提高论文的质量和原创性，从而增加通过万方查重的概率。