在进行论文修改前后的万方查重率对比时，首先需要保存好修改前的原始论文版本和修改后的论文版本。然后，登录万方查重系统，分别上传两个版本的论文进行查重。系统会生成两个版本的查重报告，比对两个版本的重复率和相似度。通过对比查重报告，可以清晰地看到修改前后的差异，了解修改的效果和程度。同时，还可以根据查重报告中的具体数据，进行进一步分析和评估。

另外，进行论文修改前后的万方查重率对比时，还可以借助其他查重工具进行辅助。比如Turnitin、iThenticate等国际知名的查重系统，可以提供更全面的查重结果和分析。综合利用多种查重工具，可以更全面、准确地评估论文修改前后的差异和改进情况，为学术写作质量提升提供有效参考。